Sección deportiva de la Academia de Fútbol Sub-20

La sección deportiva Sub-20 compite en el campenato correspondiente de la Super Liga.

La Sub-20 ha ganado las temporadas 2009-10, 2012-13, 2014-15, 2015-16, 2016-17 la liga de la Super Liga y en el período 2003-04 la liga Panhelénica de la Unión de Sociedades Anónimas Deportivas helenas (E.P.A.E.). Obviamente, el Olympiacós es el primero en número de títulos conquistados en lo que se refiere a Juveniles.

La temporada 2012-13 participó en el Next Gen Series y llegó a cuartos de final.

La temporada 2014-15 llegó a los octavos de la Liga Juvenil de la UEFA. La Sub-20 participa de manera ininterrumpida en esta competición desde 2013 hasta 2016.

En la Liga Juvenil de la UEFA ha ganado, entre otros, a equipos de las Academias de la Juventus, del Bayern de Múnich, del Atlético de Madrid y del Ársenal.

El equipo de Juveniles superó los 100 goles en partidos oficiales tanto en 2014-15 como en 2015-16.

Ha tomado parte en muchos torneos internacionales como:
 2008: Segunda puesto en el Torneo Sub-19 SPAX.
 2009: Primer puesto en el Torneo de Turín Sub-20.
 2010: Primer puesto en el la Copa Emiratos en Dubai.
 2012: Primer puesto en el MEMORIAL XXVIII TORNEO JUVENIL de la Real Sociedad
 2017: Tercer puesto en el Torneo Internacional Rezé de Francia.